Parceria é uma palavra que define o espírito do Observatório de Clima e Saúde. Desde a sua criação, múltiplas reuniões e encontros foram realizados com diversos segmentos da sociedade visando abordar as mudanças climáticas e ambientais de forma inovadora e sempre 
validada por especialistas.
As parcerias envolvem grupos de pesquisa da Fiocruz, como a Medicina Tropical do IOC, bem como universidades do Brasil e do exterior. Algumas instituições de pesquisa têm desenvolvido estudos importantes nas áreas de vigilância do Observatório, como na Amazônia, para o monitoramento de queimadas, a poluição atmosférica e as doenças respiratórias. Esses estudos contam com a participação da USP e Inpe, além da Universidade Federal de Rondônia.
Também na Amazônia, está em desenvolvimento um sistema voltado para a organização e visualização de dados sobre a incidência de malária na fronteira entre a Guiana Francesa e o estado do Amapá. Pela primeira vez, serão disponibilizados dados georreferenciados dos dois lados da fronteira, o que envolve um grande investimento em computação e tratamento estatístico de dados. Neste caso, as parcerias são com o IRD (Institut de recherche pour le développement da França), 
a Universidade de Montpellier, a Universidade Federal do Amapá, além da Secretaria Estadual de Saúde do Amapá e o órgão local do sistema de saúde francês (Agence Régionale de Santé).
Para a região do Semiárido brasileiro, o Observatório tem estabelecido uma importante parceria com a Agência Nacional de Águas (ANA), Fiocruz de Pernambuco (Instituto Aggeu Magalhães) e organizações não-governamentais para criar um sistema de monitoramento e alerta que permita identificar áreas vulneráveis e episódios de seca extrema que possam representar ameaças à saúde da população.
Oficinas que definiram indicadores tiveram parceiros na construção
A primeira oficina do Observatório realizou-se em maio de 2009, em Brasília, com representantes de IBGE, Datasus, Agência Nacional das Águas, Ministério da Saúde, Ministério do Meio Ambiente, Ministério da Ciência & Tecnologia e integrantes da Secretaria de Vigilância Sanitária e da Fiocruz.
Pesquisadora e uma das coordenadoras do Observatório, Renata Gracie avalia:
"Algo que as pessoas acham muito interessante, e a gente já tem no Observatório, é cada tema escolhido. Claro que para trabalhar com todos os agravos relacionados ao clima, todos todos, seria humanamente impossível. O que fizemos? Utilizamos os agravos que tenham uma notificação volumosa ou minimamente que a gente visualize essas informações em tabelas, gráficos e mapas. Escolhemos agravos que têm uma abrangência nacional. E, então, a gente tem esses agravos por tema. Quando clicamos nesses agravos, temos uma lista de indicadores relacionados. Para cada tema fizemos reuniões com pesquisadores, pessoas da sociedade civil e gestores."
Christovam Barcellos, vice-diretor de Pesquisa e Ensino do Icict e um dos criadores do Observatório, aborda os objetivos do projeto e do site desde as origens.
"Acho que o primeiro compromisso do site era a disponibilização de indicadores. Se uma pessoa quisesse saber a evolução de uma determinada doença num determinado município ou fazer o mapa de um estado para ver como isso está se alterando. As primeiras decisões que tomamos foram assim: que indicadores para que problemas de saúde. E quais eram os chamados determinantes, os fatores explicativos dessas doenças. A gente monitora também as condições ambientais de determinado lugar: demografia, sociedade, características socioeconômicas. Elaboramos essa lista de indicadores que avalio como o cerne mesmo do Observatório."
Com esses indicadores, os gestores e cidadãos podem acompanhar o que está acontecendo com a saúde da população e como as mudanças climáticas podem estar alterando as condições do ambiente e da saúde. Esses dados, que foram pela primeira vez reunidos numa só plataforma, permitem o desenvolvimento de pesquisas que tentam responder questões que todos querem saber, mas são de difícil mensuração. O que está acontecendo com o clima? Como ele afeta a saúde? Que problemas podem ser agravados com as mudanças climáticas? Como podemos nos proteger das ameaças trazidas por essas transformações? Segundo Barcellos, para responder tantas questões, precisamos de bons dados, modelos matemáticos, experiência de pesquisadores e participação da sociedade civil. Daí a importância das parcerias desde a criação do Observatório.